În perioada 1997-1999, Alkaloid, fiind lider în regiune și mai mult, a fost printre primele companii din regiune care au certificat Sistemele de Management al Calității din Centrele de Profit (Farmaceutice, Chimice, Cosmetice și Botanice), în conformitate cu standardul internațional ISO 9001. În 2000-2001, Alkaloid AD Skopje a fost deja prima companie din Macedonia (Republica Macedonia de Nord din 2019) care a primit certificate pentru Sisteme de Management de Mediu conform standardului internațional ISO 14001 pentru centrele de profit Botanică și Farmaceutice. Toate certificatele ISO au fost emise de organismul de certificare Quality-Austria (fostul ÖQS) și acreditate de IQNet - The International Certification Network.
În 2002, Alkaloid a inaugurat noua fabrică de producție de forme de dozare orală solide, construită în conformitate cu cerințele GMP europene și internaționale. Ca o confirmare pentru această conformitate a fost obținerea primului certificat GMP cu care orice producător macedonean de medicamente a fost vreodată premiat de către Ministerul Sănătății din Macedonia. În același timp, Alkaloid a primit și un certificat GMP pentru noua sa fabrică de producție de cefalosporine în conformitate cu reglementările naționale, cu Directivele UE 2001/83/ЕС și 2003/94/ЕС și cu Ghidurile OMS.
Începând cu anul 1998, programul Botanicals a fost verificat cu primul certificat în metode de producție ecologică ca fiind conform cu Directiva UE 2092/91 de către Control Union Certifications (fostul SKAL)-Olanda, care este primul de acest fel din Balcani. Semnificația internațională a certificatelor pentru metodele de producție ecologică este confirmată pe trei continente prin verificare conform Programului Național Organic al Departamentului pentru Agricultură al Statelor Unite și Organic JAS-Japanese Agricultural Standards by Control Union Certifications-Olanda.
Producția de dispozitive medicale – soluții concentrate pentru hemodializă și film cu raze X – programul de Chimie a fost premiat cu certificate CE în 2007-2010 de către renumitul organism de notificare DEKRA Certification BV (fostul KEMA Quality BV) din Olanda. În 2011, Programul Chimie – Dispozitive medicale de la centrul de profit Chimice Cosmetice Botanice de Alkaloid AD Skopje a obținut un Certificat de Sistem de Management al Calității pentru introducerea și îndeplinirea cerințelor Standardului ISO 13485.
Confirmarea angajamentului Alkaloid AD „Sănătatea mai presus de toate”, este certificatul HACCP pentru producția de alimente sigure, acordat la 17.04.2007 fabricii de Botanice pentru întregul program de producție: ceaiuri, aditivi, condimente, legume uscate, sare și „ Zachinal”, eliberat de Quality Austria.
În 2009, Alkaloid CONS DOOEL a obținut atât certificate de management de calitate, cât și certificate de mediu în conformitate cu standardele internaționale ISO 9001 și ISO 14001.
Alkaloid doo Belgrade și Alkaloid Veledrogerija doo Belgrade și-au certificat cu succes IMS-ul în conformitate cu standardele internaționale ISO 9001 și ISO 14001 în 2012.
Primul audit matricial al Sistemului de Management Integrat (IMS) al Alkaloid a fost efectuat de Quality Austria în 2012 și a confirmat conformitatea acestuia cu standardele internaționale ISO 9001 și ISO 14001 (100% din instalațiile și procesele de producție) pentru ALKALOID AD, ALKALOID CONS DOOEL, ALKALOID doo BELGRADE și ALKALOID VELEDROGERIJA doo BELGRAD, conformitatea cu ISO 13485 pentru centrul de profit al Farmaceutice și programul Chimice, precum și aderarea deplină la principiile și cerințele HACCP pentru programul Botanice și PC Farmaceutice.
Grija pentru mediu este unul dintre principiile pe termen lung ale politicii de afaceri a Alkaloid AD – Skopje, prin urmare sistemul de management de mediu face parte din sistemul său de management integrat. În 2012, Ministerul Mediului și Planificării Fizice a acordat sediului PC Farmacie din Avtokomanda un permis A pentru conformitate cu planul operațional pentru prevenirea și controlul integrat al poluării, incluzând Alkaloid printre companiile responsabile corporative care, în cursul operațiunilor lor de producție, se preocupă de prevenirea și controlul integrat al poluării mediului.
În 2020, Alkaloid AD Skopje și-a consolidat poziția de lider prin obținerea unui Certificat de conformitate cu cerințele standardului internațional ISO 45001.